「研究所」，在日本稱之為「大學院」，包含了碩士課程與博士課程。
碩士課程多為二年制，博士課程多為五年制 (前期 2 年 + 後期 3 年)。
日本的大學院與台灣的研究所不同，分為一般傳統型大學院與專門職大學院。
| 傳統型大學院 ─
主要以學術研究為主要的學習方針。所以報考前就必須先選定研究領域、提出研究計畫、找尋指導教授等。針對未來預計從事研究項目或者以教授等職業為目標的學生就讀。
| 專門職大學院 ─
主要以培養具備高水平的專業能力，可做為領導者並活躍於社會和經濟各領域的專業人才為目的者就讀。其中最具代表性的為法科研究所、培養教師的教職研究所，或是其他會計、商務、科技管理領域等專職研究所。
日本大學院的學生，又分為「研究生」和「院生」，日文中的「研究生」和台灣所謂的「研究生」是完全不同的身分，需要多注意！
| 研究生 ─
此為日本大學院的特有制度。並非所有大學皆有提供研究生的申請。作為研究生，可與一般大學院的正式學生共同使用研究室、圖書館等資源，但無法取得學位。若想取得正式學位，必須參加考試，合格後才可成為正式的院生。一般留學生因為學術日語程度不足，申請研究所時，許多教授會要求先從「研究生」當起。
| 院生 ─
為正式的大學院學生名稱。於大學院正式畢業者，可有正規的修士畢業證明(碩士學歷)。對自己的英文與日文以及專業知識有自信者，也可選擇不經過研究生的階段，直接參加院生的入學考試。
| 4 月入學 ─
從夏季開始到 11 月為主要申請季，部分學校招生到 1 月。
| 9 月或 10 月入學 (僅少數學校) ─
多為以「全英文授課」為主的學校科系如 SGU 計畫校系，申請季節多落在前一年 12 月起至當年 4 月或 5 月。
| 院生
日本大學院的報考，跟日本的大學一樣皆採獨立招生，必須確認該大學院的招生簡章。為了分散風險，通常建議報考３~5間學校。但也要特別留意考試與面試時間是否撞期！
| 指導教授
於台灣就讀研究所，一般都是畢業之前找好教授並寫好畢業論文即可。而日本則是須於報考前就先找到指導教授，提出完整的研究計畫並取得教授口諾，才可進行報考。
- 蒐集資料選出符合自己的學校
可從歷年招生簡章、各大學院的研究報告與學校官網的資訊來進行獲得情報。藉由搜尋到的情報確認各大學院的教授研究方向與教授專門領域。 - 相當的日文或英文實力
於日本就讀大學院，也會需要參閱許多外國的文獻資料，所以除了日文成績要求外，頂尖的名門大學對於英文也非常看重。而英文考試種類很多，建議大家考托福，相對來說會是較多大學可認定的語言成績。 - 符合教授研究領域的研究計畫
研究計畫為報考大學院最重要的書面資料之一。從研究背景、目的、到內容方法等，都是教授通過所提出的計畫書來瞭解報考者的專業知識能力。 - 面試
面試官會針對您提出的研究計畫，進行細節的討論和確認。建議一定要將自己的研究計畫熟讀，並可以用流暢的學術日文進行介紹並對應教授的專業問答。
如果是法律系以外的文組研究所，除了語言達到和教授溝通的程度外，針對該科系的基礎學科知識徹底掌握，並提出符合教授的研究領域之研究計畫書，才是考上目標學校唯一的捷徑。
