日本的研究所，叫做「大學院」。有碩士課程和博士課程。碩士課程多為二年制，博士課程多為五年制（前期兩年＋後期三年）。傳統的大學院，以學術研究為主要學習方針，報考前須要先決定研究領域、書寫研究計畫、找尋指導教授等作業。專精學術研究走向的大學院，與大多數台灣學生的學習需求有些不同，因此很多未來還是想要進入職場、希望學習實務知識的台灣留學生，會選擇另類的大學院就讀 ─ 「專門職大學院」。
日本的專門職大學院，以培養具備高水平的專業能力，可做為領導者並活耀於社會和經濟各領域的專業人才為目的之教育課程。其中最具代表性的為法科研究所、培養教師的教職研究所，或是其他會計、商務、MOT領域等專職研究所。課程多為為二到三年制。另外，部分也設有英語授課的MBA課程。
日本大學院的報考，跟大學一樣皆採獨立招生，通常需要學生自行赴日報考、且報考前須拜訪指導教授研究室，確定研究方向，因此大多無法透過代辦或日本語學校協助報名，大部分同學都是先前往語言學校，提升日文程度同時透過語言學校的升學輔導，準備研究計畫、練習拜訪指導教授的面試等準備。以下兩所大學院為例外，可透過JPTIP在台灣提供入學諮詢、申請報名等手續。
法政大學經營研究所 Innovation Management
研究科 GMBA (Global MBA) 課程
- 入學月份：每年9月
- 課程期間：1.5年
- 學位：MBA碩士學位
- 特色：SGU計畫校，全英文授課。課程包含到政府機關或企業進行實習。會日文者可選修日文授課的MBA課程。
神戶情報大學院大學
- 入學月份：每年4月 或 每年10月
- 課程期間：2年
- 學位：碩士學位
- 特色：全日本總共只有4所IT專門職大學院，神戶情報大學院大學就是其中一間，而且是唯一設有「資訊技術研究科」的學校。
大學院的入學資格會要求什麼？什麼時候該申請？
大學院的 (碩士、博士) 入學條件須符合下列其中之一
- 日本的大學畢業生。
- 在母國接受過 16 年學校教育課程的結業者。
- 修完指定的專門學校專門課程者。
- 於日本接受過指定教育機關之16年的外國大學課程畢業者。
- 由大學改革支援，學位授與機構授與學士學位者。
- 畢業於外國的大學、或於就讀外國同等大學的修業年限3年以上，授予同等學士學位者。
- 經過大學院的個別入學資格審查，認定具有同等大學畢業或以上的學力，且年滿22歲者。
大學院申請時間
- 從夏季開始到11月招生
- 部分學校也有在1月招生
※ 上述招生期間均為4月入學的情況較多，僅部分學校有9月或10月入學。
報考研究所需準備的資料和考試項目？
研究計劃書－指定想研究的主題，並針對該主題將內容歸納整理的文件。幾乎所有的研究所(大學院)都要求提交研究計劃書。除了報名表之外，須提交的是研究計畫書。部分院系須在報考前聯繫希望指導教授並得到報考許可。入學考試則大多分為筆試及面試，僅安排面試的院系也有。筆試部分也因各院系規定有專業科目、日語或其他語言考試科目等。
內容如下：
- 研究的目的
- 背景
- 意義
- 方法
- 參考文獻等
格式及字數因學校各異，但一般多為2,000字左右。製作研究計劃書時，最重要的是尋找自己想要研究領域的論文，調查有關研究進展的情況、還有那些尚未解決的問題等。
審查重點如下：
- 對研究的熱情
- 發現問題的能力
- 分析事務的能力
- 邏輯性思考能力
- 專業相關的知識
報考日本研究所有資格限制嗎？日語能力要求多少？
在母國具大學以上畢業資格者方得報考。日語能力部分，建議擁有「日本語能力試驗（JLPT）」N2以上資格（N1尤佳）。詳細報考所需事項以各院系規定為準。
需要考英文嗎？或需要相關檢定成績證明嗎？
依據不同校系規定，或需要提交TOFEL、TOEIC成績，或參加指定英語考試等。詳情須以欲報考校系規定為準。
日本研究所的研究生／聽講生／科目等履修生制度是什麼？
日本大學院的正規生稱為『院生』。在報考『院生』之前可以先申請當『研究生』、『聽講生』、『科目等履修生』（依各院系規定設置）。除了不具備修習學分、拿學位、部分福利（依各校規定）之外，可以使用的資源大多與院生相同。留學生比較常有的狀況是在報考對自己來說難度較高的學校前，先與教授聯繫在研究室學習、熟悉環境、依教授建議先上一些課，作為正式報考前的預備階段（一般約半年至一年）。畢竟身為留學生，即使具備專業背景，研究方向與教授相合，也可能因日語程度尚未到達足以閱讀論文、做研究、討論學術的程度而考不上正式生。或是，欲報考與大學主修不同領域的情況也需要在正式報考院生前先到該院系做預備。
研究所一年的學費大概多少？
國公立大約53萬日圓起；私立大約60、70萬起至200萬日圓不等（依各校院系不同學費差異也頗大）。醫學、藝術設計類相關學科，通常會比一般學科學費更高一點。詳細須以各校系官方公佈金額為準。
在日本讀大學／研究所，可以打工嗎？
依據日本政府規定，只要取得「資格外活動許可」，於正當場所，每週可打工28小時以內。英語授課的MBA課程為招收更多跨國優秀人才，透過海外事務所辦理招生，不需飛到日本也可以報名、考試。JPTIP為法政大學的代表事務所，以下帶您了解法政GMBA課程特色。
報考日本研究所得自己準備嗎？語言學校會協助嗎？
在日本大學院為獨立招生，需要一間一間考試。其中有很多項目是需要技巧去做準備。對於毫無概念的留學生來說，容易摸索得很辛苦。在這方面，先就讀日本語言學校是大家首先可考慮的重點之一。
在日本就讀語言學校準備研究所考試的優點
- 語言學校設有相對應的研究所升學課程。除了日文的聽說讀寫之外，老師會針對每位學生狀況提供選校建議及輔導。
- 報考前與該院系教授聯繫，學校老師也可提供電子郵件撰寫指導等。
- 教導撰寫研究計畫書、定向題目、找相關文獻、將論點前後一致地串連、文章重點摘要等實用技巧，並做成簡報上台發表。
- 減少台灣與日本來回面試的費用與時間外,也可直接拜訪教授和參觀實驗室，也可使用日本國家的圖書館，在準備方面也較有利。
此外，在研究所升學班會遇到許多有相同目標的留學生們一起努力，也會透過學校活動認識到正在日本就讀研究所的學長姐，可以交交朋友、互相分享情報、認識環境，不論是對於接下來考研究所或在日留學生活都非常有幫助。
了解了語言學校提供的協助後，第二重點為找尋大學院的指導教授！所謂指導教授，是指導學生做履修計畫、研究的導師，基本上必須靠自己尋找。有部分學校在申請入學之前需要事先找好指導教授，並取得非正式入學許可。
尋找指導教授的方法及與教授取得聯絡後該注意的事項
若是台灣日本本科系出身的日文系同學，您的大學教授很多應該都是過去曾到日本留學的大前輩，可以請大學教授為你介紹。或是透過語言學校跳板進行升學的同學，語言學校的老師會協助介紹或教導如何調查、聯絡各大學教授。
與目標大學院教授取得聯繫後，需將你至今所做得研究成果或日後的研究計劃，以及選擇該教授之理由等，具體地在研究計畫書上呈現，請親自拜訪教授，取得教授許可未來願意讓您進入他的研究室後，才可報考該校的大學院考試。最好還能附上你出身大學的指導教授等之推薦信。由於對方只能從書面資料來判斷你的情況，所以必須不斷地嘗試，並傳達你的熱忱。
